結婚式を間近に控えた警視庁OBの村中努の下に脅迫狀が屆き、捜査一課は式の行われる渋谷ヒカリエで不測の事態に備えて訓練を行っていた。同じ頃、過去に起きた連続爆破事件の犯人が脫獄する。その情報を摑み、追い詰める降谷零と風見裕也だったが、犯人は何者かによってつけられた首輪爆弾により爆殺され、風見は重傷を負い、降谷も突如姿を現した謎の人物に同型の首輪爆弾をつけられてしまう。更に、通りすがりの外國人が所持していた遠隔操作の爆弾の爆発事件に巻き込まれたコナンは、降谷の隔離された地下シェルターに招かれ、3年前に今は亡き警察學校時代の同期メンバーと共に正體不明の仮裝爆弾犯「プラーミャ」と遭遇した事件の話を聞く……

火が燈された運命のスクランブル。いま、祝祭のハロウィンが狂亂の夜行へと変貌する──!