夢と希望に胸を膨らませ、高校生活を満喫するうさぎたち。ハーバード大学への留学に出発する衛を見送るうさぎだが、謎の女性に襲われて衛が消えてしまう。それを見たうさぎは部分的な記憶喪失になり、衛がアメリカに旅立ったと思い込む。

ある日、人気アイドルグループ「スリーライツ」とみちるのライブコンサートに行ったうさぎたちは、セーラー戦士を名乗る新たな敵「シャドウ・ギャラクティカ」に襲われる。さらに、謎の3人組のセーラー戦士・セーラースターライツや、ちびちびと名乗る謎の少女まで現れる。

セーラー戦士はシャドウ・ギャラクティカに「セーラークリスタル」を奪われて消えていく。仲間を失ったうさぎは衛も消えたことを思い出し、セーラースターライツ、スターライツが仕える火球皇女、ちびちびと共に、シャドウ・ギャラクティカの本拠地「ギャラクティカ・パレス」がある「ギャラクシー・コルドロン」に向かう。

シャドウ・ギャラクティカとの戦いでちびちび以外の仲間を失ったうさぎは、未来から駆けつけたちびうさとセーラーカルテットと合流する。そして戦いは銀河の未来を賭けた決戦にまで発展し、うさぎはかつてない過酷な運命と向き合うこととなる。