科学世界存在着超能力，魔法世界存在着魔法，由现实和非现实──看似水火不容的世界观交织混杂。一边是拥有超先进科技，布满着先进技术机器的学园都市，而另一边则是遍布着圣经和符文的魔法世界。故事的主要舞台是从东京都西部被分割出来的学园都市，其将东京西部占据并占有埼玉县和神奈川县一部分，是一个圆形城市。这是一个巨大都市，居住着230万名人口，其中80%人口是学生，分为23个学区。其和外部隔离，拥有领先世界20~30年以上的最尖端科技，由“统括理事会”（主要是理事长）全权管理。“超能力开发”被列为学校课程的一部分，所有学生都接受超能力开发。根据能力不同，可以分为6级，从无能力者到超能力者（Lv.5），但学园都市的最高能力者一方通行的能力也只是超能力者。其全世界都有合作组织。为防止技术或超能力外泄，其对外界人口进出有严格的限制但魔法侧基本可以绕过。都市不存在警察，取而代之的是从学生中挑选出的风纪委员（Judgement）和教师自愿参与的警备员（Anti-Skill）维护治安，甚至可以当作军队（Anti-Skill在第三次世界大战接受俄罗斯投降）。